自2001年以来，自动化所研究成果获得国家级、省部级科技奖励百余项。其中，国家科学技术奖19项，包括国家科学技术进步一等奖1项、国家科学技术进步二等奖8项、国家自然科学二等奖6项、国家技术发明二等奖4项；北京市科学技术奖52项，包括一等奖11项、二等奖21项、三等奖20项。
