大会分为专题报告和小组讨论两个环节。在大会报告环节，党委书记王小明首先传达了党的十八届三中全会和院党组精神，帮助大家统一思想，提高认识。
本次战略研讨会主要聚焦“脑板块与智能化的未来”，重头戏是自动化所脑板块的规划报告。经过前期的精心准备，副所长徐波向大会汇报了目前研究所关于脑板块规划的设想。他首先介绍了欧盟、美国等国家以及IBM、谷歌等跨国公司和科研机构制定的大脑研究计划，强调了大脑工程研究的必要性及现状。接下来，徐波详细介绍了自动化所关于大脑工程研究的总体规划和实施举措。在大脑工程研究方面，自动化所将在既有学科优势的基础上，重点关注脑网络图谱、大脑模拟及类脑计算系统三部分，并在神经计算、脑微观结构重建等方面建立技术平台。
在战略研讨会上，副所长杨一平做研究所“一三五”战略推进情况的报告，重点汇报了各方向2013年在深化科研、攻坚克难方面取得的成果。各方向取得的成绩得到与会人员的充分肯定。党委副书记、副所长房自正做科研绩效考核方案报告，重点讲解了以重大产出为导向的评价体系，希望通过评价体系来引导科研活动模式的转变，实现由量到质的转变，最终催生重大产出。财务资产处处长李玉杰做科研财务管理报告，向科研人员详细讲解了做好课题经费预算、控制好执行进度以及做好结题验收审计工作等有关内容。
内容丰富的大会报告得到参会人员的广泛关注，在第二天的小组讨论中，大家围绕脑科学与智能化、“一三五”战略推进、科研绩效考核方案等内容进行了热烈讨论，为研究所的下一步发展建言献策，提出了很多宝贵意见。
会议期间，科技部原副部长、自动化所老所长马颂德研究员发表了讲话。他指出，为了自动化所的可持续发展，需要凝练出一个既能发挥研究所优势，又符合国家需求的大任务。大脑工程的研究确实可以把我们在基础研究和工程研究方面的优势都结合起来，并且在大的方面产出成果。他希望全所上下共同努力和思考，制定出一个既有长远目标，又有分阶段成果的路线图，促进研究所发展。
所长王东琳在总结讲话中强调，制定脑板块规划是这届班子的使命，领导班子对这一方向的信心是坚定不移的。目前规划还有待完善，发展目标还需进一步明晰，他希望全所的科研人员能够参与其中，贡献智慧。王东琳强调，我们要尽全力去推进脑板块方向的发展，真正做出卓越的事情，为国家的核心技术铺路，为信息科学和控制科学走向智能化奠定基础，将其发展成为研究所的核心竞争力，共同开创研究所未来发展的新机遇。
