工作经历 2021-04~现在, 中国科学院自动化研究所, 研究员 2012-10~2021-04,中国科学院自动化研究所, 副研究员 2009-07~2012-10,中国科学院自动化研究所, 助理研究员 教育经历 2004-09--2009-07 中国科学院自动化研究所 博士 2000-09--2004-07 西安交通大学 学士

生物组织三维电镜影像技术

(1) 大目标场景下的电镜图像拼接方法研究, 负责人, 国家任务, 2013-01--2015-12 (2) 智能汽车的视觉感知关键技术研究, 参与, 国家任务, 2017-01--2020-12 (3) 突触水平神经大数据重建与分析平台, 参与, 地方任务, 2016-05--2018-12 (4) 生物切片序列高通量扫描电镜三维影像系统, 参与, 中国科学院计划, 2017-01--2018-12 (5) 微观脑网络结构分析与重构, 参与, 中国科学院计划, 2015-07--2017-06 (6) 果蝇脑超薄切片图像处理, 负责人, 企业委托, 2014-10--2017-12 (7) 大脑微观三维重建, 参与, 研究所自选, 2014-01--2015-06 (8) 果蝇视觉系统的微观结构重建及网络分析, 参与, 国家任务, 2017-07--2020-06 (9) 面向超薄序列切片的三维电镜自动成像技术研究, 参与, 国家任务, 2018-01--2020-12 (10) 灵长类全脑神经联接图谱计划, 参与, 中国科学院计划, 2017-01--2021-12 (11) 纳米级芯片智能分析系统研发及产业化, 负责人, 地方任务, 2018-07--2020-06 (12) 生物序列切片扫描电镜图像实时配准技术功能开发, 负责人, 中国科学院计划, 2018-09--2020-08 (13) 序列切片透射电镜电子断层成像数据配准系统研制, 负责人, 中国科学院计划, 2020-09--2023-08 (14) 笼养动物实时跟踪、分割和行为分析的智能化系统, 负责人, 中国科学院计划, 2020-01--2021-12 (15) 中科院关键技术人才, 负责人, 中国科学院计划, 2019-01--2021-12 (16) 三维电镜成像技术, 负责人, 企业委托, 2023-03--2026-12 (17) 生物切片阵列大面积离子减薄仪, 参与, 中国科学院计划, 2022-01--2023-12

 Chang S, Li L, Hong B, Liu J, Xu Y, Pang K, Zhang L, Han H, Chen X. An intelligent workflow for sub-nanoscale 3D reconstruction of intact synapses from serial section electron tomography. BMC Biology, 2023; 21(198). （共同通讯作者）  Xin T, Lv Y, Chen H, Li L, Shen L, Shan G, Chen X, Han H. A novel registration method for long-serial section images of EM with a serial split technique based on unsupervised optical flow network. Bioinformatics, 2023; 39(8). （共同通讯作者）  Liu D, Li W, Ma C, Zheng W, Yao Y, Tso CF, Zhong P, Chen X, Song JH, Choi W, Paik S, Han H, Dan Y. A common hub for sleep and motor control in the substantia nigra. Science. 2020; 367(6476):440-5.  Chen X, Zhai H, Liu D, Li W, Ding C, Xie Q, Han H. SiamBOMB: A Real-time AI-based System for Home-cage Animal Tracking, Segmentation and Behavioral Analysis. IJCAI, 2020. （第一作者）  Liu J, Qi J, Chen X, Li Z, Hong B, Ma H, Li G, Shen L, Liu D, Kong Y, Xie Q, Han H, Yang Y. Fear memory-associated synaptic and mitochondrial changes revealed by deep learning-based processing of electron microscopy data. Cell Reports, 2021; 40(5): 111151-111151. （共同第一作者）  Sun R, Chen X, Yin C-Y, Qi L, Lau P-M, Han H, et al. Correlative light and electron microscopy for complex cellular structures on PDMS substrates with coded micro-patterns. Lab on a Chip. 2018;18(24):3840-8. （共同通讯作者）  Zhou F, Shen L, Chen B, Chen X, Han H. Human attention-inspired volume reconstruction method on serial section electron microscopy images. Cytometry Part A, 2021; 99(6): 575-585. （共同通讯作者）  Zhou F, Chen B, Chen X and Han H. Neuronal Morphological Model-Driven Image Registration for Serial Electron Microscopy Sections. Frontiers in Human Neuroscience, 2022, 16: 250. （共同通讯作者）  Xin T, Shen L, Li L, Chen X and Han H. Expected affine: A registration method for damaged section in serial sections electron microscopy. Frontiers in Neuroinformatics, 2022, 16: 944050. （共同通讯作者）  Yu C, Chen X, Yin L, Shu C, Zhao L, Han H. Image deformation based on contour using moving integral least squares. IET Image Process. 2019;13(1):152-60. （通讯作者）

中科院关键技术人才, 2018 中科院院所两级公共技术服务中心优秀个人, 2019

[1] 陈曦, 韩华, 沈丽君, 马宏图, 张丽娜. 一种面向序列切片的扫描电镜三维影像获取系统及方法. CN: CN114049252A, 2022-02-15. [2] 陈曦, 周芳旭, 韩华, 李琳琳, 马宏图. 基于X光图像的生物组织电镜图像校正方法、系统和装置. CN: CN112396608A, 2021-02-23. [3] 沈丽君, 常胜, 韩华, 李琳琳, 陈曦. 扫描电镜透射模式与透射电镜联用的病毒快速检测系统. CN: CN112381817A, 2021-02-19. [4] 陈曦, 吕亚楠, 韩华, 沈丽君. 基于仿射变换的显微序列图像自动拼接方法、系统及装置. CN: CN112381718A, 2021-02-19. [5] 沈丽君, 洪贝, 韩华, 陈曦. 基于电镜图像的集成电路金属圆孔自动识别方法及系统. CN: CN112200164A, 2021-01-08. [6] 陈曦, 翟昊, 沈丽君, 谢启伟, 韩华. 基于孪生网络的笼养动物行为分析方法、系统、装置. CN: CN111582214A, 2020-08-25. [7] 李国庆, 韩华, 陈曦, 孙国栋. 基于随机线段的图像特征分类方法及系统. CN: CN110991541A, 2020-04-10. [8] 马宏图, 李琳琳, 张丽娜, 陈曦, 韩华. 基于生物组织序列切片刻蚀减薄的三维图像库获取方法. CN: CN110533772A, 2019-12-03. [9] 张丽娜, 马宏图, 李琳琳, 陈曦, 韩华. 刀刃位置切换方法、装置及包括该装置的超薄切片机. CN: CN110328712A, 2019-10-15. [10] 张丽娜, 马宏图, 李琳琳, 陈曦, 李国庆, 韩华. 超薄切片机及其刀台. CN: CN209132009U, 2019-07-19. [11] 张丽娜, 马宏图, 李琳琳, 陈曦, 李国庆, 韩华. 超薄切片机及其刀台. CN: CN209132009U, 2019-07-19. [12] 陈曦, 舒畅, 韩华, 谢启伟. 生物样品三维结构的构建方法及装置. CN: CN109584368A, 2019-04-05. [13] 陈曦, 韩华, 沈丽君, 谢启伟. 显微序列图像拼接方法及装置. CN: CN109584156A, 2019-04-05. [14] 陈曦, 韩华, 沈丽君, 马宏图. 大视场光学显微图像成像装置及方法. CN: CN109283679A, 2019-01-29. [15] 陈曦, 韩华, 李国庆, 谢启伟, 沈丽君. 面向序列切片的扫描电镜图像实时配准装置及方法. CN: CN108038874A, 2018-05-15. [16] 李国庆, 韩华, 马宏图, 陈曦. 低能量背散射电子探测器. CN: CN107976458A, 2018-05-01. [17] 陈曦, 周芳旭, 韩华, 沈丽君. 多幅显微图像拼接中的灰度校正方法及装置. CN: CN107958442A, 2018-04-24. [18] 李国庆, 韩华, 马宏图, 陈曦. 低能量背散射电子探测器. CN: CN107917924A, 2018-04-17. [19] 陈曦, 韩华, 谢启伟, 沈丽君. 生物组织序列切片显微图像的配准方法及装置. CN: CN107545567A, 2018-01-05. [20] 曹会文, 韩华, 陈曦, 饶强, 肖驰. 基于线粒体结构的图像配准方法及装置、存储介质及设备. CN: CN107481224A, 2017-12-15. [21] 谢启伟, 韩华, 陈曦, 沈丽君, 李国庆. 基于电镜序列切片图像的突触检测方法. CN: CN106407988A, 2017-02-15. [22] 谢启伟, 韩华, 沈丽君, 陈曦, 李国庆. 基于双光子图像的突触检测方法. CN: CN106373116A, 2017-02-01. [23] 陈曦, 韩华, 谢启伟, 沈丽君. 小波邻域高斯模型图像复原方法. CN: CN106508111B, 2014-10-22. [24] 韩华, 胡敏, 陈涛, 陈曦, 谢启伟, 沈丽君. 一种基于多尺度基本形式的相似尺度图像融合方法. CN: CN106508048B, 2014-08-27. [25] 沈丽君, 陈涛, 韩华, 陈曦, 谢启伟. 利用自适应多尺度基本形式实现图像融合的方法. CN: CN106508047B, 2014-08-27. [26] 谢启伟, 韩华, 陈曦, 沈丽君. 一种基于图像边缘保持自适应分解的超分辨率重建方法. CN: CN106508045B, 2014-08-27. [27] 谢启伟, 韩华, 陈曦, 沈丽君. 基于带限二维EMD与Gabor自适应滤波的图像时频分析法. CN: CN106508110B, 2014-07-23.

2023-07-07-今,中国农工民主党第十七届中央教育科技工作委员会, 委员 2020-12-01-今,中国自动化学会智能健康与生物信息专委会, 委员 2020-12-01-今,中国老年学和老年医学学会睡眠科学与技术分会, 委员 2020-10-13-今,中国优选法统筹法与经济数学研究会青年工作委员会, 委员